Ya en Bilbao, Francisco se fue a nadar el día antes de San Juan, en el año 1674, con unos amigos. Francisco fue llevado por la corriente y desapareció. Cinco años después, en 1679, se afirmaría que había sido visto en las costas de Dinamarca, en el Canal de la Mancha y en Andalucía. Así, en Cádiz, unos pescadores afirmarían ver a un ser acuático con apariencia humana y que desaparecería rápidamente. La aparición se iría repitiendo constantemente hasta que se consiguió atrapar a la criatura con trozos de pan y unas redes. Una vez capturado se constataría que se trataba de un hombre con escamas y forma de pez.
Ya en casa de su madre, Francisco vivió tranquilo sin mostrar ningún interés por nada. Iba descalzo y a veces desnudo y no hablaba apenas. Se dedicaba a llevar cartas a poblaciones vecinas, e incluso a Santander, a donde llegó en una ocasión tras nadar desde Pedreña, entregando la carta mojada. Después de nueve años en casa de su madre, desapareció en el mar sin volverse a saber nada sobre él.
La escultura que recuerda la leyenda es obra del artista Javier Anievas y representa al "Hombre pez" en su juventud. Está ubicada en el exterior del Centro de Interpretación del Hombre Pez, en el antiguo molino de Mercadillo junto al Puente Romano, "Puente Mayor", frente al río Miera.